为了贯彻《中华人民共和国水污染防治法》，从流域、区域范围内协调水资源的开发利用，依法和科学地管理水环境、控制水污染、保护水资源，促进社会经济可持续发展，按照《地表水环境质量标准（GB3838-2002）》，在全省范围内对主要江河、湖库划分地表水环境功能区。
对以下地表水体划分环境功能区：全省所有流域面积大于100平方公里的河流以及小于100平方公里的重要河流；所有中型以上水库、重要的小型水库以及主要城市湖泊。
地表水环境功能区划分的基本原则是确保社会经济可持续发展战略的实施。
划分水环境功能区的具体原则是：
1.考虑水体现状、规划的使用功能和水环境质量的现状；
2.优先保护集中式饮用水源地；
3.适应流域内经济和城镇发展规划的要求；
4.水体环境功能区的划定，一般不低于水体现有的水质等级；
5.兼顾上、下游地区利益；
6.水体环境功能区划分的下端约束条件与《广东省近岸海域环境功能区划》（粤府办〔1999〕68号）相衔接；
7.保证按省政府的要求跨行政区边界水质达标交接；
8.水库的水环境质量一般要求达到地面水环境质量标准Ⅱ类，特殊情况不低于Ⅲ类；
9.城市河段内河涌一般要求不低于Ⅴ类；
环境保护部门依据《地表水环境质量标准（GB3838-2002）》，实施水域分类管理。结合水域使用功能要求，地表水环境功能区分为五类：Ⅰ类水环境质量功能区，主要适用于源头水、国家自然保护区；Ⅱ类水环境质量功能区，主要适用于集中式生活饮用水地表水源地一级保护区、珍稀水生生物栖息地、鱼虾产卵场、仔稚幼鱼的索饵场等；Ⅲ类水环境质量功能区，主要适用于集中式生活饮用水地表水源地二级保护区、鱼虾类越冬场、洄游通道、水产养殖区等渔业水域及游泳区；Ⅳ类水环境质量功能区，主要适用于一般工业用水区及人体非直接接触的娱乐用水区；Ⅴ类水环境质量功能区，主要适用于农业用水区及一般景观要求水域。
当同一水体具有多种使用功能时，按照最高功能确定水质目标。
水环境功能区划成果见“广东省地表水环境功能区划表”。
各地表水环境功能区按照水质目标，对照《地表水环境质量标准（GB3838-2002）》的相应类别标准，进行单因子评价，衡量是否达标，各水体未列出的上游及支流的水体环境质量控制目标以保证主流的环境质量控制目标为最低要求，原则上与汇入干流的功能目标要求不能相差超过一个级别。
允许各功能区的连接水域和点源排污口附近存在混合区。其范围不作具体划分，各地级以上市（以下简称各市）可根据需要进行划定，经过论证后报省环保部门确认。
各市可以依据国家及省的有关规定，制定本行政区域内更具体的环境功能区划，经省环保部门组织有关部门审查后颁布实施。
目前水质现状低于水质要求的河段，各市要依据国家和省的有关规定，确定水体达标的具体时间和分年度实施方案，报省环保部门备案。
饮用水源地各级保护区的划定由省人民政府另行颁布。
“广东省地表水环境功能区划表”中，“功能现状”是目前对水体的实际使用情况，不代表对水体使用功能的划定，水体使用功能的划定仍须按程序批准。
广东省地表水环境功能区划由省环境保护厅负责解释。
